Biển Phú Quốc được đánh giá là một ngư trường giàu có với trữ lượng cá ước đạt khoảng 464.000 tấn. Ngoài nhóm cá, vùng biển Phú Quốc còn có nhiều nhóm hải sản có giá trị cao như tôm, mực, ghẹ, ốc nhảy, trai ngọc, sò huyết, sò lông, nghêu lụa, bạch tuộc, hải sâm, cá ngựa v.v… [1]

Ở Bắc đảo thuộc hai xã Hàm Ninh và Bãi Thơm là vùng thảm cỏ biển rộng lớn, phía nam đảo là quần đảo An Thới đây là khu vực có những rạn san hô lớn sinh sống, các rạn san hô ở đây đang là nơi cư trú và cung cấp nguồn thức ăn dồi dào cho các loài cá sống ở rạn, nơi đây có tới 152 loài cá thuộc 71 giống và 31 họ, trong đó các họ cá có giá trị kinh tế cao như cá mú 13 loài, cá mó 11 loài, cá dìa 8 loài, 7 loài cá hồng, 8 loài cá đổng. Tảo biển có 98 loài thuộc 51 giống, trong đó có 31 loài tảo đỏ, tảo lục và tảo nâu. Động vật thân mềm có 132 loài thuộc ba giống của 35 họ thân mềm sinh sống trong rạn san hô, phổ biến nhất là ốc đụn, ngọc trai, trai tai tượng vảy. Da gai có 32 loài thuộc 23 giống của 15 họ da gai, trong đó hải sâm là phong phú nhất. Đặc biệt tại vùng biển này ghi nhận có sự xuất hiện của những loài nằm trong danh mục bị đe dọa tuyệt chủng như dugong (bò biển), rùa biển, cá heo, ngoài hệ động vật hệ thực vật ở đây rất phong phú hiện đảo có chín loài cỏ biển sinh sống, phân bố ở phía đông đảo và một ít ở bắc và nam đảo với tổng diện tích 10.600 ha.[1]

Khu bảo tồn lõi san hô: Phú Quốc có 21 điểm có san hô, phía Tây Bắc đảo 3 điểm và phía Nam đảo 18 đã cho thấy sự phân bố và diện tích rạn san hô chủ yếu tập trung ở xung quanh các cụm đảo phía Tây Nam quần đảo An Thới như: Hòn Bần, Hòn Thầy Bói, Hòn Đồi Mồi, Hòn Móng Tay, Gành Dầu, Mũi Ông Quới, Cửa Cạn,…với các loại san hô phân bố vùng ven các đảo chủ yếu thuộc kiểu dạng Rạn riềm không điển hình (Non-fringing reefs) và các loại san hô phát triển trên nền tảng đá, một số khu vực khác phát triển trên nền đáy cát như ở Hòn Vong, nam Hòn Mây Rút. Tổng diện tích rạn san hô tại vùng biển Phú Quốc là 473,9 ha, trong đó tập trung chủ yếu ở phía nam đảo Phú Quốc với diện tích 362,2 ha (76%), diện tích lớn nhất ở khu vực Cửa Cạn 37 ha và nhỏ nhất là Hòn Bần 1,2 ha. Số liệu này đã cho thấy diện tích khảo sát lần này đã tăng lên rất nhiều so với trước đây (năm 2004 chỉ là 130,4 ha) vì có thêm những phát hiện mới về Rạn san hô ở các bãi cạn Hòn Kim Quy, bãi cạn Hòn Mây Rút,… [1]